Marechal Deodoro da Fonseca foi eleito presidente, e Marechal Floriano Peixoto como vice. Como os dois eram militares da alta patente, o governo ficou conhecido como a República da Espada. Deodoro ficou apenas oito meses no mandato.

O partido Republicano Paulista, formado por um grande número de fazendeiros, queria que os governos estaduais tivessem cada vez mais autonomia econômica, pudessem, por exemplo, pedir empréstimos no exterior. Com o poder presidencial centralizado isso era muito difícil. As lutas dos grupos políticos estaduais e federais também contribuíram para o aumento dos problemas.

Deodoro dissolve o Congresso e decreta estado de sítio, causando a primeira Revolta da Armada. A situação era tensa. Custódio José de Melo tomou três dos maiores navios brasileiros e ameaçava bombardear o Rio de Janeiro. Então o Deodoro da Fonseca renuncia ao governo, evitando uma luta armada, em seu lugar, assume floriano Peixoto.

Como Floriano Peixoto não obedeceu à Constituição, que determinava novas eleições caso a Presidência ou como a Vice-Presidência vagassem antes de dois anos de governo, surgiram vários protestos e revoltas: a Segunda Revolta da Armada. A Revolução atingiu Santa Catarina e o Paraná e só não chegou a São Paulo graças à ação de Bernardino de Campos, o presidente do Estado.A Revolução Federalista transformou-se, após grandes violências, na pior revolta da República Velha.